原子分子簇科学教育部重点实验室于2009年批准建设。

2019年，原子分子簇重点实验室以优异成绩顺利通过教育部组织的第一个五年期评估。

实验室依托一级学科化学博士点建设。现主要包括四个研究方向：(1)氧合团簇化学与物理；(2)功能团簇；(3)原子分子簇理论；(4)金属有机多孔结构与膜材料。

原子分子簇重点实验室以创新型人才培养为目标，以GF科技领域中重要科学问题为牵引，针对团簇科学特点，瞄准国际发展前沿，聚焦本世纪化学、材料、能源、资源与环境等领域中的化学与物理学问题，围绕国民经济建设和高新技术发展中的重大科学问题，构建一流学术队伍、开展交叉学科研究，产出高水平成果、促进国民经济发展、增强GF科技实力，形成创新能力强、GF特色鲜明的学术梯队和研究方向。

实验室有固定研究人员67人，包括教授35名和副教授23名，其中中科院院士1人（赵东元，非全职）；国家级领军人才8人（李泽生、杨国昱、陶军、王博、吴彪、张秀辉、张加涛）；国家级青年人才12人（李晓芳、马玉荣、冯霄、马嘉璧、王博、王金亮、陈磅宽、吕红金、金旭辉、赵飞、孙建科、姚燎原）；特立学者5人（谢静、孙建科、姚燎原、张思敏、张磊宁）；教育部跨/新世纪优秀人才3人（张韫宏、曹敏花、张加涛）及北京市教学名师1人（李晖）等。

原子分子簇重点实验室近五年来承担国家级、省部级、横向科研项目103项，科研经费累计9800万元；在Science, Acc Chem Res, J Am Chem Soc, Angew Chem等高质量杂志上发表研究论文980余篇；实验室成员共获国家自然科学奖及省部级奖励8项等。